Extrator de Características de Nódulo Pulmonar Solitário

Um protótipo de ferramenta implementado para extrair características de imagens médicas.

ProcImg é uma ferramenta implementada em Java que visa extrair características de imagens baixadas do Lung Image Database Consortium (LIDC-IRDI), uma base de imagens médicas que possui cerca de 1.018 imagens de tomografia computadorizada (CT) e 290 imagens de radiografias digitais e computadorizadas (CR/DX), manualmente anotadas por múltiplos especialistas. Essas anotações estão disponíveis em arquivo a parte em formato XML e que pode ser baixado junto com as imagens.

Além de extrair características das imagens, o objetivo do desenvolvimento desta ferramenta é também avaliar se as características extraídas fornecem boas informações para discriminar as imagens que as forneceram.

Para isso, este protótipo submete as características extraídas à dois classificadores multirrótulo, que faram uso delas para simular a classificação de novas imagens . Ao final, esse classificadores multirrótulo são avaliados para verificar seus respectivos desempenhos com as características utilizadas.

Resumo das funcionalidades

Após o usuário informar o local da pasta LIDC-IDRI com as imagens de cada caso de estudo o protótipo executa as seguintes rotinas:

  1. Cria o arquivo procimg.arff. Formato utilizado como base de dados dos classificadores multirrótulo;
  2. Identifica todos os estudos de caso existente na pasta informada;
  3. Faz a leitura de cada pasta de estudo de caso, identificando os arquivos de formato DICOM e formato XML;
  4. Faz a leitura do arquivo XML encontrado extraindo as informações anotadas pelos especialistas;
  5. Analisa cada imagem citada no XML, isolando a ROI e extraindo as características dessa região;
  6. Acrescenta na seção de dados dos arquivo procimg.arff as características obtidas de cada imagem;
  7. Cria o arquivo procimg.xml com os rótulos que serão usados pelos classificadores multirrótulo;
  8. Fornece aos classificadores multirrótulo os arquivos procimg.arff e procimg.xml;
  9. Executa os classificadores multirrótulo sobre um framework de avaliação;
  10. Gerar o arquivo resultados.txt com o relatório de desempenho dos classificadores multirrótulo;

Informações técnicas

Medidas extraídas

Testar o protótipo

  1. Faça o download do ProcImg. Este arquivo compactado contém:

No Windows:

  1. De um duplo clique em ProcImg.bat e siga as instruções do Prompt.

No Linux:

  1. Verifique se o arquivo ProcImg.jar possui permissão para ser executado como um programa;
  2. Abra um terminal e acessa a pasta onde está o arquivo ProcImg.jar;
  3. Execute o comando: ./ProcImg.jar;
  4. Siga as instruções do terminal;

Quando o programa terminar de ser executado a mensagem "Os resultados podem ser conferidos no arquivo resultados.txt gerado na pasta informada" é exibida.

Este protótipo foi desenvolvido como parte da avaliação da disciplina Processamento de Imagens e Visão Computacional ministrada no 3º quadrimestre de 2011 no programa de Mestrado em Ciência da Computação da Universidade Federal do ABC. Acesse o relatório final entregue e os fontes do protótipo para obter mais informações sobre este trabalho ou entre em contato comigo.